Puerto Ayora es una ciudad ecuatoriana, cabecera cantonal del Cantón Santa Cruz, asà como la urbe más grande y poblada de la Provincia de Galápagos.
Se localiza al centro de las islas Galápagos, en el sur de la Isla Santa Cruz, a una altitud de 12 msnm y con un clima semiárido cálido de 23,9 °C en promedio.
Es llamada "El corazón de las Galápagos" por ser el centro económico del archipiélago y su ubicación geográfico. En el censo provincial de 2010 tenía una población de 11.822 habitantes, lo que la convierte en la ciudad más poblada del archipiélago, y la octogésima a nivel nacional. Sus orígenes datan inicios del siglo XX, pero es desde su designación como cabecera cantonal, cuando presenta un acelerado crecimiento demográfico hasta establecer un poblado urbano, que sería posteriormente, uno de los tres núcleos urbanos de Galápagos. Las actividades principales de la ciudad son el turismo, la pesca artesanal y el transporte.
Puerto Ayora tiene una ubicación privilegiada, protegido a lo largo de las orillas de la Bahía de la Academia, un concurrido puerto normalmente lleno de barcos que transportan a los turistas entre las islas, yates privados y pesqueros. También es un buen lugar para observar pelícanos, iguanas marinas, garzas, leones marinos, y un gran número de piqueros de patas azules. Durante la mayor parte del año recibe la brisa fresca del mar que da a la ciudad un clima muy agradable, sobre todo durante los meses de la temporada cálida (diciembre a mayo). Desde el aeropuerto de Baltra se llega a la isla Santa Cruz en taxis acuáticos cruzando el Canal de Itabaca y Baltra.
La mayoría de los hoteles, bares y restaurantes se halla en la Avenida Charles Darwin a las orillas del mar. El mayor punto de interés es la Bahía Tortuga, a muy poca distancia de la ciudad (unos 2,5 km), con acceso gratuito. En ella pueden observarse iguanas marinas, cangrejos, pájaros, la gigantesca tortuga de las Galápagos, el tiburón de arrecife de punta blanca y visitar el manglar natural, separado de la playa, donde está permitido nadar. Ubicado en Puerto Ayora se encuentra la Estación Científica Charles Darwin, con un centro de cría de tortugas gigantes, y en las montañas, a una hora de la ciudad, el gran túnel de lava de la isla.
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